序
上藥一百二十種為君，主養命以應天，無毒，多服久服不傷人，欲輕身益氣不老延年者，本《上經》。
中藥一百二十種為臣，主養性以應人，無毒，有毒，斟酌其宜，欲遏病補虛羸者，本《中經》。
下藥一百二十五種為佐使，主治病以應地，多毒，不可久服，欲除寒熱邪氣、破積聚、愈疾者，本《下經》。
藥有君臣佐使，以相宣攝合和者，宜用一君二臣五佐，又可一君三臣九佐使也。 藥有陰陽配合，子母兄弟，根莖花實草石骨肉。有單行者，有相須者，有相使者，有相畏者，有相惡者，有相反者，有相殺者。凡此七情和合視之，當用相須相使良者，勿用相惡相反者。若有毒宜制，可用相畏相殺者，不爾，勿合用也。藥有酸咸甘苦辛五味，又有寒熱溫涼四氣及有毒無毒，陰乾暴乾，採治時日，生熟，上地所出，真偽陳新，並各有法。
藥性有宜丸者，宜散者，宜水煮者，宜酒浸者，宜膏煎者，亦有一物兼宜者，亦有不可入湯酒者，並隨藥性，不得違越。
凡欲治病，先察其源，先候病機。五臟未虛，六腑未竭，血脈未亂，精神未散，服藥必活。若病已成，可得半愈。病勢已過，命將難全。
若用毒藥療病，先起如黍粟，病去及止。不去，倍之；不去，十之。取去為度。治寒以熱藥，治熱以寒藥。飲食不消，以吐下藥。鬼注蠱毒，以毒藥。癰腫瘡瘤，以瘡藥。風濕，以風濕藥。各隨其所宜。
病在胸鬲以上者，先食後服藥。病在心腹以下者，先服藥而後食。病在四肢血脈者，宜空腹而在旦。病在骨髓者，宜飽滿而在夜。
夫大病之主，有中風、傷寒、溫瘧、中惡、霍亂、大腹、水腫、腸澼下利、大小便不通、賁肫、上氣、咳逆、嘔吐、黃疸、消渴、留飲、澼食、堅積癥瘕、驚邪、癲癇、鬼注、喉痺、齒痛、耳聾、目盲、金創、踒折、癰腫、惡瘡、痔、瘺、癭瘺、男子五勞七傷、虛乏羸瘦，女子帶下、崩中、血閉，蟲蛇蠱毒所傷，此皆大略，宗兆。其間變動枝節，各宜依端緒以取之。
玉石部
上品
玉泉 丹砂 水銀 空青 曾青 白青 雲母 樸消 消石 礬石 滑石 紫石英 白石英 石脂 太一禹餘糧 禹餘糧 雄黃
中品
石膽 石鐘乳 雌黃 殷孽 孔公孽 石流黃 陽起石 凝水石 慈石 理石 長石 膚青 鐵落
下品
石膏 青瑯玕 礬石（礜石） 代赭 鹽 白堊 鉛丹 粉錫 石灰 冬灰
草部
上品
五色芝 天門冬 朮 委萎 地黃 菖蒲 遠志 澤瀉 署豫 菊華 甘草 人參 石斛 石龍芮 牛膝 獨活 升麻 茨胡 防葵 著實 奄閭子 薏苡人 車前子 析蓂子 充蔚子 木香 龍膽 菟絲子 巴戟天 白莫 白蒿 地膚子 石龍芻 落石 黃連 王不留行 藍實 景天 天名精 蒲黃 香蒲 蘭草 決明子 雲實 黃耆 蛇床子 漏蘆 茜根 旋華 白兔藿 青蘘 當歸 細辛
中品
赤箭 麥門冬 卷柏 肉松容 蒺藜子 防風 沙參 芎窮 麋蕪 續斷 茵陳蒿 五味 秦艽 黃芩 芍藥 姜 蒿本 麻黃 葛根 知母 貝母 栝樓 丹參 玄參 苦參 狗脊 萆薢 通草 瞿麥 敗醬 白芷 杜若 紫草 紫菀 白鮮 薇銜 白薇 葈耳實 茅根 酸醬 淫羊藿 蠡實 款冬 防己 女菀 澤蘭 地榆 王孫 爵床 馬先蒿 蜀羊泉 積雪草 垣衣 水萍 海藻 桔梗 旋覆花 蛇全 假蘇
下品
營實 牡丹 石韋 百合 紫參 王瓜 大黃 甘遂 亭歷 芫華 澤漆 大戟 蕘華 鉤吻 藜蘆 烏頭 天雄 附子 羊躑躅 茵芋 射干 鳶尾 貫眾 飛廉 半夏 虎掌 莨蕩子 蜀漆 恆山 青葙 狼牙 白蘞 白及 草蒿 雚菌 連翹 白頭公 閭茹 羊桃 羊蹄 鹿藿 陸英 藎草 夏枯草 烏韭 蚤休 石長生 狼毒 鬼臼 扁蓄 商陸 女青 姑活 別羈 石下長卿 翹根 牛扁 白附子
木部
上品
茯苓 松脂 柏實 箘桂 牡桂 杜仲 蔓荊實 蘗木 辛夷 榆皮 酸棗 槐子 枸杞 橘柚
中品
乾漆 木蘭 女貞實 桑上寄生 蘇核 龍眼 厚樸 竹葉 枳實 山茱萸 吳茱萸 秦皮 支子 合歡 秦椒 紫葳 蕪荑 桑根白皮
下品
松蘿 五加 豬苓 白棘 衛矛 黃環 石南草 巴豆 蜀椒 莽草 鬱核 欒華 蔓椒 雷丸 溲疏 藥食根 皂莢 練實 柳華 桐葉
蟲獸部
上品
發髲 龍骨 牛黃 麝香 熊脂 白膠 阿膠 丹雄雞 雁肪 石蜜 蜜蠟 蜂子 牡蠣 鯉魚膽 鱧魚
中品
犀角 羚羊角 羖羊角 白馬莖 狗陰莖 鹿茸 伏翼 蝟皮 石龍子 桑螵蛸 蚱蟬 白殭蠶 木虻 蜚虻 蜚廉 蠐螬 蛞蝓 海蛤 龜甲 鱉甲 鮀魚甲 烏賊魚骨 蟹 蝦蟇
下品
六畜毛蹄甲 鼯鼠 麋脂 豚卵 鷰屎 天鼠屎 露蜂房 樗雞 蟅蟲 水蛭 石蠶 蛇蛻 吳公 馬陸 翳螉 雀甕 彼子 鼠婦 螢火 衣魚 白頸蚯蚓 螻蛄 蜣蜋 螌蝥 地膽 馬刀
果菜部
上品
蒲陶 蓬蔂 大棗 藕實莖 雞頭實 甘瓜子 瓜蒂 冬葵子 莧實 苦菜